Rekisterinpitäjä voi olla ihminen tai organisaatio. Rekisterinpitäjä päättää aineiston käsittelystä, vastaa henkilötietojen käsittelyn turvallisuudesta ja tarkoituksenmukaisuudesta sekä aineiston asianmukaisesta hävittämisestä tai arkistoinnista tutkimuksen päättyessä.
Tutkijan ollessa työ-, virka- tai palvelusuhteessa tutkimusta toteuttavassa organisaatiossa rekisterinpitäjänä toimii tutkimusta toteuttava organisaatio. Tutkijan tai tutkimusryhmän tehdessä tutkimustyötä itsenäisesti voivat tutkija tai tutkimusryhmä toimia rekisterinpitäjinä itse.
Organisaatiot ovat yhteisrekisterinpitäjiä, jos ne päättävät yhdessä, miksi ja miten henkilötietoja käsitellään. Yhteisrekisterinpitäjien pitää sopia jokaisen osapuolen vastuista.
