Rekisterinpitäjä on henkilö tai organisaatio, joka päättää henkilötietojen käsittelystä. Hän vastaa siitä, että tietojen käsittely tapahtuu turvallisesti, tarkoituksenmukaisesti sekä että aineisto hävitetään tai arkistoidaan asianmukaisesti tutkimuksen päättyessä.
Tutkijan ollessa työ-, virka- tai palvelusuhteessa tutkimusta toteuttavaan organisaatioon, kyseinen organisaatio toimii rekisterinpitäjänä. Sen sijaan itsenäisesti toimiva tutkija tai tutkimusryhmä voi toimia rekisterinpitäjänä itse.
Jos useampi organisaatio päättää yhdessä henkilötietojen käsittelystä, ne toimivat yhteisrekisterinpitäjinä. Tällöin on tärkeää sopia selkeästi kunkin osapuolen vastuut.