Terveystietojen toisiokäytön tavoite on, että suomalaisia rekisteriaineistoja voidaan hyödyntää mahdollisimman tehokkaasti sairauksien hoidon, palveluiden ja päätöksenteon kehittämiseksi, samalla varmistaen, että tietoja käytetään mahdollisimman turvallisesti ja vastuullisesti.
Tutkimus tarvitsee usein hyvin suuria tietomääriä, jotta tulokset olisivat luotettavia ja yleistettävissä koko väestöön. Tämän vuoksi Suomessa rekisteritietoja voidaan käyttää toisiokäytössä ilman, että jokaiselta henkilöltä, jonka tietoja tutkimusaineisto sisältää, pyydetään erikseen lupa. Lääketieteellisessä ja kliinisesssä tutkimuksessa puolestaan tutkittavien henkilöiden on annettava erikseen suostumus tutkimukseen osallistumisesta.
Jos rekisteritutkimuksissa pitäisi kysyä jokaiselta rekisteröidyltä erikseen lupa, monien tärkeiden väestötason tutkimusten tekeminen olisi käytännössä mahdotonta. Siksi päätöksentekijät ovat keskittäneet lupamenettelyn viranomaisille ja varmistaneet, että yksityisyyden suoja on turvattu tarkoin säännöin koko prosessin ajan. Kuka tahansa voi kuitenkin rajoittaa tietojensa käyttöä, eli toisiokäytön voi myös kieltää.