Rekisteritutkimus perustuu olemassa oleviin rekisteriaineistoihin, kun taas muussa tutkimuksessa aineisto kerätään erikseen tutkimusta varten.
Rekisteritutkimus kattaa usein suuria väestöryhmiä, mahdollistaa pitkät seurannat eikä kuormita tutkittavia. Esimerkiksi lääketieteellisessä ja kliinisessä tutkimuksessa tutkittavien henkilöiden on annettava erikseen suostumus tutkimukseen osallistumisesta.