Kapselin käyttöohje

Tältä sivulta löydät yksityiskohtaiset ohjeet Kapselin tilaamiseen, käyttämiseen ja tulosten anonymiteetin varmistamiseen.

Tietoturvallisen Kapseli-käyttöympäristön käyttö

Tietoturvallinen Kapseli-käyttöympäristö vastaa hyvin pitkälti oman koneen työpöytää, mutta Kapselin työpöytä on etäyhteyden päässä. Tietoturvamääräysten takia Kapselin käytössä on muutamia eroja verrattuna tavallisen työpöydän käyttöön:

• Kapselista ei ole pääsyä internetiin. Vaikka selain on asennettu, sitä voi käyttää vain paikallisesti esimerkiksi html-muotoisten dokumenttien avaamiseen.
• Tietojen kopioiminen etätyöpöydän ja  oman tietokoneen  välillä on estetty.
• Kapselin näkymästä ei saa ottaa kuvaa.
• Mitään tietoja tai kuvia tai muuta materiaalia ei voi itsenäisesti siirtää Kapseliin vaan kaikki tietojen siirto tapahtuu Findatan kautta.

Kapselin kanssa käytettävän IP-osoitteen on oltava staattinen eli yleisimmin organisaation IP-osoite. Yleensä etätyössä oman organisaation IP-osoite voidaan saada käyttöön etäyhteyden esim. VPN-yhteyden kautta. Mikäli organisaation yhteyksissä on vaihtuvuutta, kannattaa kysyä oman organisaation IT-tuesta IP-osoitteiden koko osoiteavaruutta, jotta vaihtuvuus ei haittaa Kapselin käyttöä. Kapselia ei voi käyttää yksityisten IP-osoitteiden kautta.

Kapseliin kirjautuminen

Varmista ennen kirjautumista, että käyttäjätunnuksesi on rekisteröity ja käyttövalmis. Jos et ole varma tunnuksesi käyttövalmiudesta, ole yhteydessä Findatan yhteyshenkilöön.

1. Asenna Duo Mobile -sovellus matkapuhelimeesi ja aktivoi se (kehittäjä: Duo Security Inc.). Jos olet jo asentanut ja aktivoinut sovelluksen, siirry kohtaan 2.
   • Asennus: hae Duo Mobile -sovellus matkapuhelimesi sovelluskaupasta ja asenna se.
   • Aktivointi: Kapseli-tilauksen yhteydessä ilmoitettuihin matkapuhelinnumeroihin lähetetään automaattisesti aktivointiviesti Duo Mobilen käyttöä varten. Sovellus aktivoidaan käyttöön klikkaamalla aktivointiviestissä olevaa linkkiä. Jos puhelin vaihtuu, tarvitaan uusi aktivointikoodi.
2. Kirjaudu Kapseliin osoitteessa https://kapseli.findata.fi käyttäen tietokoneen verkkoselainta.
   • Valitse kirjautumissivulla olevasta listasta se tunnistautumistapa, joka on ilmoitettu rekisteröitymisessäsi. Kirjaudu tunnistautumisen vaatimien välivaiheiden kautta.
3. Valitse käytettävissä olevista käyttäjäympäristöistä se, jota aiot käyttää. Jos käytössäsi on vain yksi käyttäjäympäristö, siirry seuraavaan kohtaan.
   • Valinnan jälkeen järjestelmä siirtyy tunnistautumisen toiseen vaiheeseen.
4. Kaksivaiheisen tunnistautumisen toinen vaihe.
   • Kirjaudu käyttäjäympäristöön.
   • Saat Duo Mobileen ilmoituksen kirjautumisyrityksestä. Tekemäsi kirjautuminen hyväksytään Duo Mobilen kautta valitsemalla ”Approve”.

Tietojen siirto ja kansiorakenne

Kaikki Kapselin ohjelmistoasennukset ja tietojen siirrot tapahtuvat tilausten ja tarkastusten kautta. Mitään tietoja ei voi itsenäisesti viedä Kapseliin tai tuoda sieltä ulos.

Tietoluvassa määritellään ne tiedot, joiden käsittelyyn lupa on myönnetty. Tiedot kootaan, yhdistellään, esikäsitellään ja tarvittaessa pseudonymisoidaan tai anonymisoidaan Findatan toimesta. Tietojen käytössä tarvittava lisätieto, kuten esim. julkisesti saatavilla oleva tilastotieto, vaatii myös Findatan tarkastuksen ja tietojen siirron Kapseliin.

Aineiston käsittelyn sujuvoittamiseksi pyydämme aineistot rekisterinpitäjiltä ensisijaisesti CSV-muodossa ja toimitamme ne Kapseliin CSV-muodossa (erotinmerkkinä puolipiste, merkistönä UTF-8-koodaus).

Kapselista löytyy seuraava kansiorakenne:

• Data (D:)
• Backup (E:)
• CRAN (N:)
• Output (O:)
• Work (W:)

Tietoluvassa määritellyt tiedostot ovat saatavilla Data (D:) -asemalta. Data-asema on kirjoitussuojattu. Myös muut Kapseliin toimitettavat tiedostot, kuten mahdolliset ohjelmakoodit, siirtyvät Data-asemalle tarkastuksen jälkeen. Työskentelyä varten on käytettävissä Work (W:) -kansio, jonne käytettävät tiedostot kannattaa kopioida Data-asemalta.

Tietojen siirtoon tarkoitetusta Output (O:) -kansiosta tiedot siirretään Findatan järjestelmään tarkastettavaksi. Huomaa, että siirrettäväksi laitettavien tietojen tulee olla anonyymissä muodossa. Myös ohjelmakoodien osalta tulee varmistua, ettei henkilötietoa sisälly siirrettäviin tiedostoihin.

Tiedot, jotka halutaan varmuuskopioida, viedään Backup (E:) -kansioon. CRAN (N:)-kansio sisältää R-ohjelmiston käyttämiseen tarvittavia ohjelmistopaketteja.

Poistuminen järjestelmästä

Kapselin etätyöpöydän käytön voi lopettaa kahdella eri tavalla.

• Sign out löytyy vasemmassa alareunassa olevan ihmishahmon takaa. Tätä vaihtoehtoa on suositeltava käyttää, kun olet lopettanut tietojen käsittelyn. Sign out -vaihtoehdon kautta  poistuessasi vapautat etätyöaseman resurssit.
• Disconnect löytyy Power-napin takaa. Tätä vaihtoehtoa kannattaa käyttää silloin, jos jokin ajo pitää jättää pyörimään, kun poistut työasemalta. Resurssit jäävät tällöin varatuksi.

Molempien vaihtoehtojen jälkeen näet vaihtoehdot Reconnect ja Logout. Uloskirjautuessa valitse vaihtoehto Logout. Sulje selain ellet halua kirjautua takaisin.

Kapselin ohjelmistot

Kaikkiin Kapselin virtuaalisiin konepaketteihin on asennettu vakiona alla olevasta taulukosta löytyvät ohjelmistot. Laajennamme ohjelmistovalikoimaa tarvittaessa.

Uusissa konepaketeissa on vakio-ohjelmien uudet versiot 1.12.2022 alkaen. Ohjelmistot päivittyvät ongelmatilanteissa tai tietoturvaan liittyvissä päivityksissä kaikkiin konepaketteihin tarpeen mukaan.

Windows-käyttöjärjestelmä (Windows Server 2016 Standard)

Ohjelmisto	Versio	Versio 1.12.2022 alkaen	Lisätietoja
7-Zip	19	22
Adobe Acrobat Reader DC	Ajantasainen	Ajantasainen
Anaconda 3	2019/10, 2020.07	2022.05	Käyttää Python Wheeliä 3.9
GeoDa	1.16	1.20
Git	2.28.0	2.38.0
Google Chrome	Ajantasainen	Ajantasainen
IBM SPSS Statistics	27	29
LibreOffice	6.1	7.4	Base, Calc, Draw, Impress, Math, Writer
LyX	2.3	3
MiKTeX	20.6	22.7
Notepad++	7	8
QGIS	3.10	3.26
R	4	4	Sisältää CRAN-kirjaston paketit. Huom! R-Toolsia ei asenneta automaattisesti Kapseliin. Jos tarvitset R-Toolsia, ilmoita siitä tilauslomakkeen lisätiedoissa.
RStudio	1.2	2022.07.2+576
SAS	9.4	9.4
Stata	16	16
WinPython	3.8	3.8

Linux-käyttöjärjestelmä (CentOS 7)

Ohjelmisto	Versio	Lisätietoja
Emacs
Golang
LibreOffice		Base, Calc, Draw, Impress, Math, Writer
Nextflow
Pigz
Python	3.7.9.	Sisältää seuraavat paketit: tensorflow nltk spacy scikit-learn seaborn plotly bokeh pydot xgboost lightgbm catboost eli5 torch keras dist-keras elephas gensim scrapy beautifulsoup4 numpy scipy pandas statsmodels matplotlib pyfuse3 crypt4gh trio httpx qrcode
R + R studio	4.2.1	Käytössä cran-kirjaston paketit. Huom! R-Toolsia ei asenneta automaattisesti Kapseliin. Jos tarvitset R-Toolsia, ilmoita siitä tilauslomakkeen lisätiedoissa.
VS Code

Jos tarvitset vakiona saatavilla olevien ohjelmistojen lisäksi myös muita ohjelmistoja, niitä on mahdollista saada käyttöön lisätilauksesta. Lisäohjelmistojen tilaukset tehdään Kapseli-tilauksen yhteydessä tai Kapselin käytön aikana päivittämällä Kapseli-tilausta asiointipalvelussa.

Lisäohjelmistojen tilaus

Mikäli käyttäjällä on tarve muille kuin peruspakettiin kuuluville ohjelmistoille, niitä voidaan asentaa erillisenä maksullisena tilauksena. Lisäohjelmistojen tilaukset tehdään Kapseli-tilauksen yhteydessä tai Kapselin käytön aikana päivittämällä Kapseli-tilausta asiointipalvelussa. Lisäohjelmistot voivat olla joko open access- tai lisenssipohjaisia. Jos kyseessä on lisenssin vaativa ohjelmisto, vastuu lisensseistä on asiakkaalla itsellään. Veloitamme käyttäjien omien työkalujen/ohjelmistojen asennuksesta Kapselin konepakettiin 86,00 euroa/tunti (+ alv 24 %).

Omien tiedostojen siirto Kapseliin

Kapseli toimii projektin työpöytänä koko aineiston käsittelyn ajan. Lähtökohtaisesti aineistojen käsittely tapahtuu Kapselissa eli vain valmiit analyysitulokset tuodaan järjestelmän ulkopuolelle. Analyysiin tarvittavan ohjelmakoodin tuottamiseen pätee sama ajatus, että koodia tuotetaan järjestelmän sisällä.

Käytännössä kuitenkin monesti analyysirunkona toimii jokin aiempi ohjelmakoodi. Aiempien koodien ja muiden omien tiedostojen (tutkimusprotokolla, muuttujien kuvaukset tms.) tuominen Kapseliin on mahdollista Findatan kautta.

Katso tarkempi omien tietojen siirtämisen ohje sivulta Aineistojen ja tiedostojen toimittaminen Findataan.

R-ohjelman CRAN-yleisrepositorion käyttö

CRAN-yleisrepositorion käyttöönotto

Cran-yleisrepositorio löytyy osoitteesta: https://cran.findata.local/

1. Poista .Renviron -tiedosto Documents -kansiosta tai Projekti -kansiosta (WORK). Voit vaihtoehtoisesti muokata tiedostoa ja poistaa seuraavia rivejä:
   • RSTUDIO_DISABLE_PACKAGES=TRUE
   • R_LIBS_USER=N:/
2. Luo .Rprofile-tiedosto Documents -kansioon alla olevilla tiedolla:
   local({
   r ←getOption(”repos”)
   r[”CRAN”] <-”https://cran.findata.local/”
   options(repos = r)
   })
   • Voit myös kopioida .Rprofile-tiedoston  D:\-asemalta (DATA)
3. Käynnistä RStudio uudelleen.
   • Voit asentaa R-paketteja install.packages(”PACKAGE”)-komennolla.
   • Jos haluat mieluummin käyttää graafista käyttöliittymää pakettien asentamiseen, löydät sen RStudiosta kohdasta Tools -> Install Package. Kun paketti on asennettu, lataa paketti library()-toiminnolla.

Tulosten julkaiseminen

Aineistojen käsittely tapahtuu Kapseli-käyttöympäristössä ja vain valmiit analyysitulokset tuodaan järjestelmän ulkopuolelle. Käyttäjä tuottaa tulokset anonyymissa muodossa ja Findata varmistaa toisiolain mukaisesti tulosten anonymiteetin.

Tulosten anonymiteetti varmistetaan seuraavasti:

1. Tarkista julkaistavaksi tarkoitettujen tulosten anonymiteetti ohjeen avulla. Ohje löytyy sivulta Anonyymien tulosten tuottaminen
2. Siirrä tulokset ja yhteenvetolomake Findatalle Kapseli-käyttöympäristön Output-aseman kautta.
   • Täytä ja liitä mukaan yhteenvetolomake (Pyyntö varmistaa tulosten anonymiteetti) Yhteenvetolomake löytyy Kapselin D-asemalta zip-tiedostosta Käyttöohjeet_User_guide_04042022.zip.
   • Pakkaa tulokset ja yhteenvetolomake zip-kansioon ja nimeä se seuraavasti: Tulokset_tietoluvan_diaari_käyttöympäristön_tunniste_siirtopäivämäärä (anna päivämäärä muodossa ppkkvvvv, esim. Tulokset_THL_1234_14.02.00_2020_a01_15032022).
   • Luo Output-asemalle tyhjä tekstitiedosto, jonka nimi on ZZZ_READY.txt. Näin zip-kansio siirtyy automaattisesti Findatalle. Jotta siirto onnistuu, tarkista huolellisesti, että ZZZ_READY-tiedosto on nimetty oikein. Siirrot tapahtuvat tasatunnein ja 30 minuutin välein. Siirron jälkeen tiedostot poistuvat automaattisesti Output-asemalta.
   • Voit halutessasi lähettää tiedon siirrosta Findatalle (data@findata.fi). Olemme yhteydessä, jos siirto ei ole tullut perille (onnistuneesta siirrosta ei tule kuittausta).
3. Findata tarkastaa pyynnöt viiden arkipäivän sisällä ja toimittaa tulokset siirtopalvelu Nextcloudin välityksellä käyttäjälle. Käyttäjään ollaan yhteydessä, jos tarvitaan lisätietoja.
   • Jos tulostiedostot ovat erittäin laajoja, varmistamisessa voi mennä kauemminkin kuin viisi arkipäivää.

Katso myös